特殊水处理工艺
活性炭吸附
活性炭吸附水处理过程中常用的活性炭滤料包括粉末活性炭（PAC）和颗粒活性炭（GAC）。多数有关活性炭的研究显示，PAC 和GAC 均可有效而快速（接触时间30分钟 即充分）地去除水中的藻毒素。不同来源的活性炭对藻毒素的吸附能力不同，木质活性炭效果最好。
当在水处理厂使用活性炭时，一个主要的问题是生物膜的形成，它可显著损害活性炭吸附过滤藻毒素的能力；生物膜产生的生物降解没有发生F。水体中的天然有机物会与极性较弱的藻毒素产生竞争吸附，从而降低活性炭对藻毒素的吸附效能。在藻毒素浓度低，且存在生物膜或天然有机物时，活性炭几乎不能去除微囊藻毒素。同时，活性炭容易饱和，在使用过程中必须定期更换或再生，使得水处理费用昂贵。
光催化氧化
目前的研究表明，使用紫外线照射是一种去除水中藻毒素的有效方法。微囊藻毒素在自然阳光下非常稳定。然而，在微囊藻毒素最大吸收波附近的紫外光可快速降解毒素。
用催化剂TiO2和紫外光照射的光催化过程也能很快降解微囊藻毒素。这一过程的效能在很大程度上取决于水的有机物负荷。由于其副产物的形成少，可降解多种有机组分，是另一种可供选择的化学处理方法，在水处理中应极力推荐。
臭氧
臭氧是最强的氧化剂之一。研究表明，臭氧能高效、快速地去除微囊藻毒素和节球藻毒素，臭氧浓度是影响其氧化效果的关键因素。pH值也是影响臭氧氧化效果的一个重要因素。水中存在的天然有机物也会影响臭氧对藻毒素的去除效果。
膜滤
膜技术是近年来出现的技术，因此，有关其在去除蓝藻细胞方面的效果还未进行全面的调查。一项研究表明，微滤和超滤都能非常有效地去除有毒性的铜绿微囊藻的完整细胞。
但过滤时，重要的一点是细胞溶解。在上述的研究中，能观察到一些细胞的损害，但在滤液中未检测出毒素。膜技术可以有效去除藻毒素，但如果水处理厂使用膜技术的处理工艺，其成本会相当高。
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